La FMM se propose, conformément aux principes de responsabilité sociale des facultés de médecine, de remplir la mission suivante :
- Dispenser une formation médicale de base aux futurs médecins conformément aux standards internationaux de qualité,
- Répondre aux besoins des médecins en exercice en termes de développement professionnel continu,
- Développer la recherche biomédicale en vue d’enrichir le savoir scientifique et d’en faire bénéficier la société,
- Fournir des prestations d’expertise à la demande de la société.